蛋白互作分析 | String網站使用方法簡介
蛋白質互作網絡(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)是由蛋白通過彼此之間的相互作用構成,來參與生物信號傳遞、基因表達調節、能量和物質代謝及細胞周期調控等生命過程的各個環節。
String數據庫(https://string-db.org/)是一個搜索已知蛋白質之間和預測蛋白質之間相互作用的數據庫,該數據庫可應用于五千多個物種,包含兩千四百萬種蛋白的,大于2000萬種蛋白質之間的相互作用連接。
目前一般都采用String數據庫來研究蛋白互作網絡,那么下面來介紹一下這個數據庫的基本使用方法。
1
查詢與某一個蛋白間有互作關系的蛋白有哪些?
(1)首先,打開String網站,
(2)然后(例如輸入小鼠蛋白Znf706),則可得到與該蛋白有互作關系的相關蛋白信息,
(3)
2
繪制蛋白與蛋白間PPI圖。
(1)首先,打開String網站,
(2)
3
使用Cytoscape軟件對PPI圖進行美化。
目前String上的圖可能不夠滿足發文個性化要求,因此會需要用Cytoscape軟件進行圖片美化,關于Cytoscape圖片繪制方法,我們有繪制相關教程,需要的話,私信小鹿哦。
(.
文末看點|lumingbio
上海鹿明生物科技有限公司多年來,一直專注于生命科學和生命技術領域,是國內早期開展以蛋白組學和代謝組學為基礎的多層組學整合實驗與分析的團隊。目前在多層組學研究已經有了成熟的技術方法,歡迎各位老師前來咨詢哦~
同時,鹿明生物B站上線了5大頻道板塊,分別在空間代謝組學、生信分析、多層組學、代謝組學方向為各位科研老師提供有效的方法工具和思路~其中,生信板塊也擁有著觀看量1.5萬的生信爆款視頻~歡迎各位老師訪問,鹿明生物B站:
https://space.bilibili.com/388691543
長按掃碼咨詢鹿明生物技術工程師
猜你還想看
1、用一個蛋白叩開uniprot的大門——uniprot入門手冊
2、蛋白研究常用數據庫 | UniProt數據庫介紹及使用說明
3、干貨 | METLIN:一個強大的代謝物鑒定及查詢的數據庫
4、單細胞蛋白質組學——集成微流控芯片與DIA質譜技術于一體