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蛋白互作分析 | String網站使用方法簡介

鹿明生物
2022.5.24

蛋白質互作網絡(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)是由蛋白通過彼此之間的相互作用構成,來參與生物信號傳遞、基因表達調節、能量和物質代謝及細胞周期調控等生命過程的各個環節。

String數據庫(https://string-db.org/)是一個搜索已知蛋白質之間和預測蛋白質之間相互作用的數據庫,該數據庫可應用于五千多個物種,包含兩千四百萬種蛋白的,大于2000萬種蛋白質之間的相互作用連接。

目前一般都采用String數據庫來研究蛋白互作網絡,那么下面來介紹一下這個數據庫的基本使用方法。

1

查詢與某一個蛋白間有互作關系的蛋白有哪些?

(1)首先,打開String網站,

(2)然后(例如輸入小鼠蛋白Znf706),則可得到與該蛋白有互作關系的相關蛋白信息,

(3)

2

繪制蛋白與蛋白間PPI圖。

(1)首先,打開String網站,

(2)

3

使用Cytoscape軟件對PPI圖進行美化。

目前String上的圖可能不夠滿足發文個性化要求,因此會需要用Cytoscape軟件進行圖片美化,關于Cytoscape圖片繪制方法,我們有繪制相關教程,需要的話,私信小鹿哦。

(.

文末看點|lumingbio

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