常見的質譜掃描模式丨DDA & DIA
Data Dependent Acquisition
DDA
1 之前已經提到，DDA可以同時獲得被測代謝物的一級質譜和碎片信息，母離子的篩選主要依靠研究者預先設定的條件，如信噪比，同位素分布，離子強度，選擇top-n等等。該方法由于采用了較窄的m/z（通常為~1Da）窗口進行篩選目標離子減少了干擾離子的存在，因此可以為研究者提供較高質量的碎片信息。
2 不足：目標離子的篩選是一個隨機的過程，強度較高的離子更容易被選擇成為目標離子進行二級質譜信息獲取。所以，當分析復雜樣本時，該方法被認為分析的重復性較差，有時候會有采樣不足的情況出現，即MS/MS信息的覆蓋率較低。在此情況下，當有價值的離子不能滿足目標篩選條件或者與很多強度較高的離子共流出時，這些感興趣的離子便不能被選擇進行碎裂。
3 此外，如果母離子選擇的數量太多，就會造成一級質譜的總離子流圖采樣不足，如果未使用高速掃描的高分辨質譜進行分析，那么采樣點不足就會導致無法較好的完成定量實驗。
4 目前已有大量的研究致力于獲取更多化合物的碎片信息，以及得到高質量的以DDA為基礎的串聯質譜圖。
Data Independent Acquisition
DIA
1 DIA主要是通過高低碰撞能量的交替采集，在低能量時獲取離子的一級質譜，高能量獲取碎片信息。不預先對母離子進行篩選，理論上能夠全面的獲取所有離子的碎片信息。
2 不足：如果在同一時間共流出離子較多的情況下，無法直接的將低能量一級質譜圖和高能量碎片離子進行解析，即沒有辦法直觀地觀察到二級質譜圖中的碎片來自于哪一個特定的母離子。數據的解析通常需要專業的分析軟件。
DDA與DIA采集的串聯質譜圖對比
左圖：DDA由于采用了較窄的m/z窗口，得到的二級質譜圖沒有干擾離子影響（藍色），并且與標準品的二級質譜圖（紅色）有很好的匹配；
右圖：DIA由于在同一時間有較多離子與目標離子共流出，加之并未預先進行篩選，所有的離子都被碎裂，因此得到的串聯質譜圖（黑色）峰比較多，由于有其他母離子碎片的干擾，使得如果不借助軟件解析，在與標準品進行匹配時有些困難。
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