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免費數據庫第三波！ 代謝組學用戶看過來~
與蛋白組學不同，代謝組學化合物的鑒定高度依賴于相應的專業數據庫。Progenesis QI軟件是沃特世出品的專業代謝組學數據處理軟件，提供了代謝組學數據處理的全流程工具。其中，代謝物注釋（鑒定）流程提供了相當豐富的數據庫資源。
Progenesis QI SDF 數據庫
HMDB數據庫（人類代謝組）
包含人體內發現的小分子代謝物的詳細信息。它旨在用于代謝組學，臨床化學和生物標志物發現應用。該數據庫包含或鏈接了三種數據:1)化學數據，2)臨床數據和3)分子生物學/生物化學數據。該數據庫涵蓋了220,945個代謝物條目，包括水溶性和脂溶性代謝物。
Lipidmaps數據庫
由美國國立衛生研究院(NIH) 創立的脂質數據庫，是目前最權威的脂質數據庫，收錄了超過4萬種脂質的結構、譜圖和分類信息。
Serum_Metabolites血清代謝組數據庫
由阿爾伯塔大學計算科學與生物科學系的David Wishart提供支持。數據庫集成到人類代謝組數據庫（HMDB）中，允許用戶以不同的視圖、代謝物、濃度和疾病瀏覽數據。用戶可以看到化合物的基本信息、化合物的濃度以及與這些濃度相關的條件。目前包括了25,411種化合物。
NP Atlas天然產物數據
由一個來自世界各地的數據管理員組成的聯盟創建的，由加拿大溫哥華西蒙弗雷澤大學羅杰·林頓的研究小組進行維護。天然產物數據庫旨在涵蓋所有同行評審過的科學文獻中的微生物衍生的天然產物。其包括的化合物來自細菌，真菌，藍藻，地衣和蘑菇。目前，數據庫已涵蓋大于25,000個化合物。
Progenesis QI ChemSpider檢索
針對另外四個常用數據庫KEGG、DrugBank、SMPDB和FooDB，我們可以通過Progenesis QI 的ChemSpider檢索工具在線檢索。DrugBank包含約2,832種藥物和800種藥物代謝物的信息，SMPDB包含約132,335種人體代謝、藥物和疾病途徑以及約60,628種其他生物途徑的途徑圖，而FoodB包含約70,000種食品成分和食品添加劑的信息。
圖1. ChemSpider在線檢索工具。
圖2. 檢索到的每一個待選注釋都具有理論碎片匹配及其碎片匹配分數。
Progenesis QI METLIN MS/MS數據庫（收費）
由Gary Siuzdak教授創建的METLIN代謝物數據庫是當今世界上最全面和最廣泛使用的代謝物數據庫之一，代表了在多種碰撞能量和正、負電離模式下產生的代謝物數據的最大MS/MS合集。Waters MS/MS庫包括超過240,000種不同的化合物，其中超過85,000種化合物通過測量MS/MS單獨分析，其他化合物具有理論碎片。最重要的是，每個化合物都具有預測的碰撞橫截面積（CCS值），能夠實現完美的化合物鑒定。
圖3. 開啟CCS值鑒定，能夠多注釋5.59倍的化合物。
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