GTDB 數(shù)據(jù)庫 | 微生物分類利器！分類信息更準(zhǔn)確、更細(xì)致、更全面！

創(chuàng)新多組學(xué)技術(shù)服務(wù)

2023.6.02

“分類”一直是微生物研究領(lǐng)域中的一個(gè)重要問題。GTDB（Genome Taxonomy Database）數(shù)據(jù)庫是一個(gè)基于基因組的微生物分類數(shù)據(jù)庫，包括了細(xì)菌和古菌的數(shù)據(jù)。相比傳統(tǒng)的 16S rRNA 基因分類方法，GTDB 使用全基因組序列來構(gòu)建分類樹，能夠提供更準(zhǔn)確、更細(xì)致、更全面的分類信息。接下來我們一起了解一下這個(gè)數(shù)據(jù)庫吧。

GTDB 的基因組是哪里來的？

GTDB 又稱作基因組分類數(shù)據(jù)庫，旨在建立基于基因組系統(tǒng)發(fā)育的標(biāo)準(zhǔn)微生物分類法。數(shù)據(jù)庫中的基因組主要來自于 RefSeq 和 GenBank，此外還包括了從宏基因組和單細(xì)胞中獲得的未培養(yǎng)微生物的基因組草圖。庫中所有基因組都使用 CheckM 進(jìn)行了污染控制，并基于 MIMAG 對基因組的完整性進(jìn)行了控制。

GTDB 數(shù)據(jù)庫對基因組質(zhì)量的控制：完整性-5倍污染>50及特殊基因組。上圖展示基因組質(zhì)量分布情況。

GTDB 的分類注釋方法是什么？

GTDB 主要使用兩種方法對微生物進(jìn)行分類注釋，一種是是基于 ANI（Average Nucleotide Identity），另一種是基于基因組系統(tǒng)發(fā)育樹。

（1）基于 ANI 的分類注釋：計(jì)算微生物基因組之間的平均核苷酸相似性，基于這個(gè)相似性比對的結(jié)果，GTDB 對基因組進(jìn)行聚類，并對聚類結(jié)果進(jìn)行分類，分類水平從綱到種。在這種方法下，GTDB 將 ANI值在 95% 以上定義為種；

（2）基于基因組樹的分類注釋：GTDB 對微生物基因組進(jìn)行多序列比對，使用 120 個(gè)單拷貝標(biāo)記蛋白及核糖體 RNA 基因等構(gòu)建基因組樹。通過比較該基因組樹和已知的參考物種，GTDB 能夠推斷出該微生物的分類地位。

GTDB 最新版本有什么特性？

GTDB 于今年 4 月 28 日釋放了最新版（Version 08-RS214，對應(yīng) RefSeq 的214 版本），包括 402,709 ?個(gè)基因組和 85,205 個(gè)物種（簇）。相比較上一版本（Version 07-RS207），基因組增加了 26.82%，物種（簇）增加了 29.68%。

GTDB 數(shù)據(jù)庫中基因組有三個(gè)來源：純培養(yǎng)組裝、宏基因組組裝、單細(xì)胞組裝。上圖展示各分類水平下三種基因組的比例

2bRAD-M?產(chǎn)品數(shù)據(jù)庫與 GTDB 什么關(guān)系？

2bRAD-M?是青島歐易生物科技有限公司推出的一款微生物檢測產(chǎn)品，具有高靈敏度特性，可輕松應(yīng)對低生物量、嚴(yán)重降解、高宿主污染等樣本，并可一次實(shí)現(xiàn)細(xì)菌、古菌和真菌的檢測及定量。如此一箭“三”雕，自然少不了數(shù)據(jù)庫的加持，其中細(xì)菌和古菌的信息即來源于 GTDB，而真菌的信息則來源于 ?Ensemble。

近日，2bRAD-M?數(shù)據(jù)庫隨 GTDB 及 Ensemble 做了同步更新，可鑒定物種的數(shù)量有了進(jìn)一步提升，有興趣的老師歡迎聯(lián)系當(dāng)?shù)劁N售咨詢。

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青島歐易立足生命科學(xué)，開發(fā)先進(jìn)技術(shù)，為國內(nèi)生命科學(xué)領(lǐng)域提供從基因組研究、遺傳分子標(biāo)記開發(fā)，到微生物多樣性檢測等系列高端技術(shù)服務(wù)。公司與國內(nèi)科研機(jī)構(gòu)、高校、藥企、食品及化妝品企業(yè)密切合作，積極推動基因組學(xué)技術(shù)在各領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用。公司擁有基因組組裝、基因組重測序、外顯子捕獲等組學(xué)技術(shù)，同時(shí)擁有簡化基因組測序（2b-RAD）、簡化基因組甲基化測序（MethylRAD）、簡化宏基因組測序（2bRAD-M?）等特色技術(shù)。協(xié)助客戶在生物的遺傳性狀解析、分子標(biāo)記輔助選擇育種、基因組選擇育種、種質(zhì)資源鑒定與保護(hù)、群體基因組學(xué)研究、表觀遺傳學(xué)研究、微生物組檢測及工業(yè)應(yīng)用等方面提供解決方案。

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司（簡稱：“歐易生物”），成立于2009年，經(jīng)過十多年穩(wěn)健發(fā)展，已經(jīng)成長為擁有“晶準(zhǔn)生物”“鹿明生物”“青島歐易”三家全資子公司，近600名員工的生物科技領(lǐng)域集團(tuán)型企業(yè)。

歐易生物始終秉持著“硬數(shù)據(jù) · 好服務(wù)”的理念服務(wù)于大眾。為大生命科學(xué)、大健康相關(guān)研究領(lǐng)域，以及醫(yī)藥、食品及日化企業(yè)的客戶，提供從基礎(chǔ)研究到藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)、藥理藥效及安全性評價(jià)、疾病分子標(biāo)志物篩選、致病菌及耐藥菌溯源等相關(guān)技術(shù)服務(wù)，全力加速客戶研究與開發(fā)進(jìn)程，提升客戶研究與開發(fā)價(jià)值。

歐易生物攜手旗下子公司，實(shí)現(xiàn)了中心法則上、中、下游多層組學(xué)的串聯(lián)，從基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組、微生物組，到蛋白組、代謝組及近年熱門的單細(xì)胞&空間多組學(xué)技術(shù)服務(wù)，為科研用戶提供全面的創(chuàng)新多組學(xué)技術(shù)服務(wù)。

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