5篇m6A甲基化文章教你如何使用純測序數(shù)據(jù)得高分
2019年m6A修飾曾創(chuàng)下單月發(fā)表100+篇10分影響因子文章佳話。2020年1月17日何川教授團隊最新Science揭示了m6A新功能---調(diào)控染色質(zhì)狀態(tài)和轉(zhuǎn)錄預示m6A等RNA修飾將仍然是目前最為熱門的科研方向。
云序生物是國內(nèi)最早提供m6A測序的科研平臺，也是客戶發(fā)表文章最多的RNA甲基化測序平臺，其中4篇10分以上發(fā)表在Nucleic Acid Research、Molecular Cancer等雜志上。
關注云序生物10分m6A文章請參考以下回顧：
臨近年末，恭賀云序客戶再發(fā)10分RNA甲基化文章
云序客戶揭秘m6A調(diào)控胃癌細胞EMT過程再次沖擊10分文章！
10分以上m6A RNA甲基化測序文章----云序生物助力
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本期會重點解析云序客戶如何應用m6A純測序數(shù)據(jù)短平快發(fā)表5分左右SCI文章。
m6A甲基化與mRNA關聯(lián)分析
云序客戶案例一：非洲爪蟾睪丸組織中m6A甲基化圖譜
發(fā)表期刊：Chemosphere
影響因子：5.108
發(fā)表日期：20191210
實驗方法：m6A MeRIP-seq， mRNA-seq
實驗樣本：非洲爪蟾睪丸組織
本文作者與她的研究團隊利用m6A MeRIP-seq和mRNA測序（云序提供此服務）技術，檢測非洲爪蟾睪丸組織中的mRNA m6A修飾和基因表達水平。結果表明，非洲爪蟾體內(nèi)m6A修飾主要富集在基因終止密碼子和起始密碼子區(qū)域，并且通過藥物處理的非洲爪蟾睪丸組織中存在1380差異m6A甲基化位點，這些與m6A相關的基因主要富集在NOD類受體、甘油磷脂代謝和脂肪酸生物合成等信號通路中，可能與睪丸發(fā)育異常有關。轉(zhuǎn)錄組與m6A聯(lián)合分析表明，基因的m6A修飾與基因的表達呈一定的正相關，揭示了m6A在兩棲基因表達中具有調(diào)控作用。該研究不僅報道了兩棲動物中m6A轉(zhuǎn)錄組圖譜，還為研究m6A調(diào)控兩棲動物睪丸發(fā)育提供了重要依據(jù)。
圖1 非洲爪蟾睪丸組織中mRNA m6A修飾特征
云序客戶案例二：骨肉瘤干細胞m6A甲基化圖譜
發(fā)表期刊：Epigenomics
影響因子：4.404
發(fā)表日期：20191025
實驗方法：m6A MeRIP-seq，mRNA-seq
實驗樣本：骨肉瘤干細胞
本文作者分別利用m6A MeRIP-seq和mRNA測序（云序提供此服務）技術檢測骨肉瘤干細胞（OSCs，osteosarcoma stem cells）中轉(zhuǎn)錄組m6A修飾情況和基因表達差異情況。實驗結果表明三種與m6A相關的酶METTL3、METTLE14、ALKBH5在OSCs中發(fā)生改變，而且檢測到2372 m6A高甲基化和3229個m6A低甲基化位點，通過差異甲基化基因與差異表達基因的聯(lián)合分析篩選出的候選基因明顯與骨肉瘤患者的預后不良相關。本文研究首次探討了化療的OSCs的轉(zhuǎn)錄組m6A甲基化圖譜，m6A甲基化可能是改善骨肉瘤（OS）治療的突破口，為進一步尋找新的OS治療靶點提供了基礎性的貢獻。
圖2 骨肉瘤干細胞轉(zhuǎn)錄組與m6A甲基化聯(lián)合分析
云序客戶例三：m6A修飾調(diào)節(jié)透明腎細胞癌的基因表達
發(fā)表期刊：Epigenomics
影響因子：4.404
發(fā)表日期：20191220
實驗方法：m6A MeRIP-seq，mRNA-seq
實驗樣本：腎透明細胞癌組織（ccRCC）
作者團隊利用m6A MeRIP-seq（云序提供此服務）技術檢測腎透明細胞癌組織（ccRCC）樣本和癌旁正常組織中轉(zhuǎn)錄組m6A甲基化位點，顯示了這兩組間m6A修飾模式的高度多樣性。差異甲基化分析發(fā)現(xiàn)ccRCC中存在569個差異m6A甲基化位點，而且ccRCC中m6A RNA異常修飾被證實可以調(diào)節(jié)基因表達和癌相關通路。作者進一步利用mRNA-seq（云序提供此服務）技術與m6A修飾聯(lián)合分析顯示，m6A修飾能夠改變mRNA表達水平。本文研究首次提出腎透明細胞癌的m6A轉(zhuǎn)錄組圖譜，有助于進一步研究m6A介導基因表達的調(diào)控機制和m6A修飾在ccRCC發(fā)病機制中的潛在作用。
圖3 腎透明細胞癌組織轉(zhuǎn)錄組與m6A甲基化聯(lián)合分析
m6A甲基化與LncRNA關聯(lián)分析
云序客戶案例四：高脂肪小鼠肝臟LncRNA m6A甲基化圖譜
發(fā)表期刊：Epigenomics
影響因子：4.404
發(fā)表日期：20190710
實驗方法：m6A MeRIP-seq，LncRNA-seq
實驗樣本：小鼠肝臟組織
作者利用m6A MeRIP-seq和LncRNA-seq（云序提供此服務）技術分別對正常（CK）和高脂肪喂養(yǎng)的小鼠（HFD）肝臟組織進行m6A甲基化和基因表達水平的檢測。實驗結果表明， CK組甲基化富集度最高的是終止密碼子區(qū)，而HFD組甲基化富集程度最高的是5’UTR區(qū)，差異甲基化分析發(fā)現(xiàn)mRNA上有554個差異甲基化m6A位點（DMMS)，LncRNA上有334個DMMS，這些差異甲基化位點的相關基因主要富集在脂肪酸代謝、細胞脂代謝、脂肪酸反應和TG等脂質(zhì)代謝相關信號通路中。作者進一步探討差異m6A甲基化修飾基因的潛在結合蛋白（RBP）,共發(fā)現(xiàn)25種RNA結合蛋白，RBP結合區(qū)motif和RBP基因GO富集分析顯示差異甲基化基因的RBPs在基因表達中起著關鍵作用，m6A甲基化可能通過占據(jù)RBP的結合位點，影響mRNA的基因表達，從而調(diào)控脂質(zhì)代謝。本研究提示m6A甲基化與肝臟脂質(zhì)代謝的調(diào)控密切相關，為今后改善脂肪肝代謝的研究提供了基礎。
圖4 小鼠肝臟組織轉(zhuǎn)錄組與m6A甲基化聯(lián)合分析
m6A甲基化與circRNA關聯(lián)分析
云序客戶案例五：HPH模型中circRNA的m6A修飾
發(fā)表期刊: BMC Genomics
影響因子：3.501
發(fā)表日期：20200113
實驗方法：m6A MeRIP-seq、circRNA-seq、MeRIP-PCR、整體m6A修飾水平
實驗樣本：大鼠肺組織
為了探究HPH中circRNA的m6A修飾，作者構建缺氧誘導的肺動脈高壓（HPH）大鼠模型，利用m6A MeRIP-seq（云序提供此服務）技術鑒定大鼠肺組織中circRNA的m6A修飾。發(fā)現(xiàn)與正常組相比，HPH組中有166個circRNA的m6A水平明顯上調(diào)，191個circRNA的m6A水平明顯下調(diào)，HPH組總體circRNAs的m6A水平也是低于正常組的，并且兩組中m6A-circRNAs均主要來源于編碼基因的單個外顯子。差異m6A甲基化與環(huán)狀RNA測序（云序提供此服務）聯(lián)合分析表明，HPH組中低氧條件下m6A修飾的環(huán)狀RNA豐度明顯降低，m6A還影響circRNA-miRNA-mRNA的共表達，而MeRIP-qPCR也證實cricXpo6和circTmtc3 的m6A修飾在HPH組中明顯降低。本研究首次鑒定了HPH中circRNA m6A甲基化圖譜，HPH模式中下調(diào)的m6A-circXpo6和m6A-circTmtc3，也為m6A-circRNA作為潛在的診斷標志物和治療靶標提供了一定的科研依據(jù)。
圖5 大鼠肺組織HPH模型中轉(zhuǎn)錄組與m6A甲基化聯(lián)合分析
總結
綜上所述，作者都是巧妙利用m6A MeRIP-seq和RNA-seq（云序提供此服務）聯(lián)合分析技術手段，探究了疾病組織或者細胞中的m6A修飾分布情況，以及m6A對轉(zhuǎn)錄組表達調(diào)控的影響。這種優(yōu)質(zhì)的策略簡單快捷高效探討m6A RNA甲基化修飾，基本3-6個月一篇甲基化表達譜的3-5分文章就成型，且多組學聯(lián)合分析，文章內(nèi)容豐富，是目前甲基化譜學研究的一大利器。過去的2019年云序生物陪伴各位老師在多個熱點科研領域交出滿意的答卷，特別是RNA甲基化修飾方向。陪伴是最長情的告白，2020年云序生物將繼續(xù)助跑科研工作者在RNA修飾、eccDNA、表觀遺傳等研究熱點提供優(yōu)質(zhì)服務。相信云序秘籍在手，2020高質(zhì)文章您有！
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