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安捷倫科技（中國）有限公司
染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。ChIP-Seq的原理是通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，并對其進行純化與文庫構建，然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。
一、技術路線和方法：
二、生物信息學分析
2.1 基本數據分析
Part01：測序數據質量評估
Part02：reads比對到基因組
Part03：peak查找
Part04：peak全基因組定位
Part05：peak在基因組repeat區域上的統計分析
Part06：peak與Tss等位點距離分析
Part07：peak附近區域序列提取及motif分析
2.2 高級數據分析
Part08：peak所在基因的COG/KOG功能分類（對植物）
Part09：peak所在基因的GO功能分類
Part10：peak所在基因Pathway分析
Part11：peak所在基因互作網絡構建
Part12：差異分析（對雙通道）
三、二代測序平臺
| Illumina平臺 | 測序平臺 | 模式 | 數據量 | 一個lane樣品數 | 貨號 |
| ChIP-seq | Hiseq2000 | 1×50 | 3-4M reads | 12 | BT2000411 |
| ChIP-seq | Hiseq2000 | 1×50 | 20-30M reads | 2 | BT2000412 |
| ChIP-seq | GAII | 1×60 | 8Mreads | 4 | BT2000413 |
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注：該產品未在中華人民共和國食品藥品監督管理部門申請醫療器械注冊和備案，不可用于臨床診斷或治療等相關用途。
